Lorsque le chlore et la chloramine ne sont pas extraits de l'eau, ces substances deviennent d'importantes causes de décès chez les poissons tropicaux. Ceci est surtout vrai pour les nouveaux aquariums. En effet, le chlore oxyde les branchies des poissons, empêchant ainsi l'oxygène de se rendre au sang. Les symptômes sont immédiats : les poissons suffoquent près de la surface, virevoltent et nagent dans toutes les directions. Après un certain temps, ils deviennent léthargiques et meurent. Si cela se produit dans votre aquarium, utilisez immédiatement un produit qui neutralise le chlore et les métaux lourds pour enrayer ces symptômes.  
Les branchies seront malheureusement abîmées, ce qui pourrait en ralentir le développement. Il est donc préférable d'éliminer ces toxines avant que l'eau ne soit versée dans l'aquarium. 

La deuxième plus importante cause de décès chez les poissons est l'empoisonnement à l'ammoniac ou aux nitrites. Celui-ci présente des symptômes semblables à ceux décrits plus haut, mais ce n'est pas l'eau qui en est responsable. Si vous soupçonnez la présence d'ammoniac ou de nitrites, faites un test d'eau pour vous en assurez.  Faites alors un changement d'eau partiel pour les diluer et ajoutez ensuite une petite quantité de supplément de bactéries pour filtre biologique  pour fournir les bactéries nécessaires à l'élimination de ces toxines. Il est recommandé d'ajouter régulièrement du supplément de bactéries pour filtre biologique  à l'eau de l'aquarium pour maintenir les concentrations d'ammoniac et de nitrites à des niveaux tolérables.

 

Lorsque les poissons sont manipulés avec des épuisettes, qu'ils sont confrontés à de grandes variations de température ou qu'ils se trouvent dans une eau souillée, la couche visqueuse naturelle qui protège leurs écailles peut disparaître ou s'affaiblir, laissant la porte ouverte aux parasites. La plupart des maladies, qu'elles soient parasitaires, fongiques ou bactériennes, voient le jour quand les propriétés de l'eau sont mauvaises ou quand les poissons subissent un stress causé par leur environnement. Le ICH (maladie des points blancs) apparaît souvent dans un aquarium après l'ajout de nouveaux poissons et est dû au stress du voyage ou à des changements de température trop prononcés. Le fongus est souvent un effet secondaire de la suralimentation, d'une mauvaise qualité de l'eau ou d'un manque d'entretien.

L'entretien régulier d'un aquarium joue donc un rôle important dans la prévention des maladies et signifie beaucoup plus que le simple remplacement de l'eau évaporée.